根據梵蒂岡醫生安德烈·阿爾坎傑利簽署的死亡證明書，教宗方濟各死於腦中風及不可逆轉的心臟衰竭。這份於週一公布的死亡證明書顯示，88歲的教宗在週一早晨去世前已陷入昏迷狀態。
死亡證明書指出，方濟各死於「腦中風、昏迷、不可逆轉的循環系統衰竭」。文件補充說明，這位天主教會歷史上首位拉丁美洲籍教宗於當地時間上午7時35分（格林尼治標準時間5時35分）在梵蒂岡聖瑪爾塔住所的公寓內辭世。
就在去世前一天，教宗還進行了最後一次公開露面，乘坐敞篷教宗座駕在聖伯多祿廣場向數千名復活節朝聖者致意，並透過助手傳達祝福。
方濟各在12年任期間飽受多種疾病困擾，近期更因雙側肺炎出現危及生命的併發症，今年2月至3月曾在羅馬傑梅利大學醫院住院38天。死亡證明書還披露教宗患有動脈高血壓、多發性支氣管擴張及2型糖尿病等先前未公開的病症。
梵蒂岡同時公布了教宗的靈修遺囑——一份信仰聲明文件。與多位前任不同，方濟各明確表示希望安葬於羅馬聖母大殿，而非梵蒂岡聖伯多祿大殿。遺囑特別註明要求「土葬，不設特殊裝飾」，僅以拉丁文刻寫其教宗名號「方濟各」。
這份標註日期為2022年6月29日的遺囑寫道：「當我感知塵世生命即將步入暮色，懷著對永恆生命的堅定希望，我願僅就安葬地點表明最終意願。」文中還表示：「願主報答所有曾關愛我並持續為我祈禱之人。」
21日晚間，梵蒂岡在聖伯多祿廣場舉行玫瑰經祈禱會，這是教宗去世後首場公開追思活動。聖伯多祿大殿總司鐸甘貝蒂樞機主教於日落時分主持儀式。梵蒂岡城國主席佩特里尼修女——梵蒂岡最高級別女性官員之一——負責誦讀首段經文，此安排體現方濟各堅持讓女性擔任更重要決策角色的理念。
教宗逝世標誌著為期九天的「諾文迪亞爾「哀悼期開始。其遺體將著教宗禮服安放於聖伯多祿大殿供信徒瞻仰，期間全球天主教教堂及聖伯多祿大殿將每日舉行追思彌撒。
梵蒂岡同時進入稱為「宗座出缺」的過渡期，權力移交樞機主教團，但在新教宗選出前不得作出重大決策。約15至20天內，80歲以下的樞機主教將齊聚梵蒂岡西斯汀禮拜堂，透過秘密投票選出新任教宗。當新教宗當選時，禮拜堂煙囪將升起白煙。
