關於哈尼亞具體死亡原因，眾說紛紜。以色列媒體稱，是一枚以色列製造的「長釘」反坦克導彈從哈尼亞住所附近發射，擊中了他身處的臥室。而《紐約時報》等稱，哈尼亞是被藏於他下榻賓館的炸彈炸死的，但該說法遭到哈馬斯駐伊朗代表的駁斥。
據美聯社報道，伊朗伊斯蘭革命衛隊亦持有不同立場，否認哈尼亞死於房間內提前安置的炸彈裝置。伊朗官方通訊社（IRNA）報道，當地時間3日，伊斯蘭革命衛隊發布哈尼亞之死相關的第三份聲明，公布了更多事件細節。經調查，一枚彈頭重量約為7公斤的「短程導彈」，從建築物外部射向哈尼亞的住宿區域，並伴有強烈的爆炸。「這次恐怖襲擊是由猶太復國主義政權策劃和實施的，並得到了美國犯罪政府的支援」。
伊斯蘭革命衛隊強調，誓要為哈尼亞報仇雪恨，一定會在「適當的時間和地點」對以色列進行嚴厲懲罰和果斷回應。
以色列情報人士曾透露，是故意選擇在德黑蘭對哈尼亞下手。哈尼亞當時正處於伊朗安全保護之下，因此，他的死將伊朗置於尷尬境地。伊朗一直對以色列不滿，支持哈馬斯和黎巴嫩真主黨。
美防長奧斯汀公開表示，他不認為中東的戰爭不可避免，如果以色列受到攻擊，美國將幫助保衛以色列；布林肯則說，美國對此「不知情、沒參與」。伊朗外交部強烈譴責此事，指控美國也是以色列實施這一「令人髮指的恐怖主義行為」的「幫兇」。
