此次被以軍扣留的援助加沙船隊中有兩名哥倫比亞公民，哥倫比亞總統佩特羅10月1日宣布，要求以色列駐哥倫比亞的全部外交人員立即離境，並宣布立即終止兩國自由貿易協定。
哥倫比亞外交部發表聲明指，以方此舉是綁架行為，公然違反國際法。佩特羅表示，扣押船隊及人員是以色列政府犯下的又一起國際罪行，他已指示哥外交部採取法律措施，要求釋放兩名公民，並就其遭受的權利侵害獲得賠償。總統府發布的公告則指出，哥倫比亞方的一系列措施是對以方扣押哥倫比亞公民做出的回應。
近年來，哥倫比亞與美國和以色列之間的緊張關係因毒品政策、加沙衝突以及美國海軍在鄰國委內瑞拉的行動等不斷升級。9月26日，佩特羅在紐約聯合國總部外參加支持巴勒斯坦的示威遊行。美國國務院當天以佩特羅「敦促美國士兵不服從命令並煽動暴力」為由吊銷了他的赴美簽證。
在此之前，佩特羅已在2024年5月宣布因以色列在加沙地帶進行「種族屠殺」，斷絕與以色列的外交關係。同年8月，作為以色列的最大煤炭供應國，哥倫比亞暫停向以色列出口煤炭，「直至以色列停止種族滅絕」。今年7月，佩特羅指責美國官員參與在哥倫比亞策劃政變，哥美兩國分別召回駐對方使館負責人進行緊急磋商。
針對赴美簽證被吊銷一事，佩特羅9月27日進行回應，批評該決定違反國際法和外交豁免原則，並直言「聯合國總部不應留在紐約」。9月29日晚，佩特羅在內閣會議上表示，政府將終止與以色列的自由貿易協定。佩特羅說，哥倫比亞不會讓生命屈服於逐利的貿易。
除在以巴問題上的矛盾，美軍近期在拉美地區的「頻繁行動」也引發哥方不滿。佩特羅9月23日在聯合國大會發言時批評美國當月在加勒比海域發動的三起襲擊，並呼籲對美國總統特朗普及其他相關官員展開刑事調查。佩特羅說，船上乘客並非委內瑞拉黑幫集團「阿拉瓜火車」成員。白宮則堅稱美軍打擊的船隻在運送毒品，但特朗普政府並未解釋美軍如何確認船上裝載貨物種類以及乘客與幫派組織的關係。
