隨著柯文哲遭到起訴，台北地檢署的起訴書也曝光。據稱，柯文哲的隨身硬碟中，有檔案命名為「朕」和「上諭」，當中寫著「朕是雍正帝但絕不會讓你成為年羹堯」等句子。另外還提到，柯文哲曾傳簡訊給民眾黨創黨元老蔡壁如，內容有「臣議其君，死罪」。不過，蔡壁如表示，柯文哲喜歡用歷史來比喻，有關內容和檢方指柯文哲貪污並沒有關係。
台灣多個媒體的報道，檢調人員指柯文哲有「威權思想」，在柯文哲的隨身硬碟其中一個資料夾中，發現有檔案命名為「朕.doc」和「上諭.doc」」文檔，其中有文字寫著對曾經的親信蔡壁玉的不滿：「朕是雍正帝，但絕不會讓你成為年羹堯」，「朕不是明朝萬曆皇帝」「庭議制度」等內容，用詞彷彿上演穿越劇。
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另外，柯文哲自稱自己的話是「上諭」，據了解是來源於柯文哲在2011年發給妻子的一封電郵。他和妻子談如何和別人相處時 ，自稱「主上」，並說：「上諭：待人處事，要想到我怎麼對人，別人就怎麼對我。」
據稱，柯文哲時任台北市長時就對下屬說：「我每次說，我前兩年是漢獻帝，滿朝都是曹操跟董卓。」他還說：「偉大的不是魏徵，偉大的是唐太宗，有這個最好的全台勞動局長，還有一個台北市長，幫她扛住。」「我就是兩種人的混合，雍正跟濟公的混合。」
蔡璧如是民眾黨創黨元老，報道引起訴書表示，一次蔡在電視節目中談到柯文哲令柯非常不滿，事後收到柯文哲傳簡訊，告訴她「今天我看你上節目……但臣議君，死罪」。
蔡壁如：柯文哲很喜歡用歷史的比喻
蔡壁如今日被記者問及有關問題，證實上述內容是柯文哲通過社交平台LINE，給她發的短信。
蔡壁如說，這確實是柯文哲傳給她的信息，但時隔多年，已經想不起來是什麼事情，直到檢察官偵訊時出示上述信息，她也才想起這件事，並強調「的確是收到過」。
不過，蔡壁如表示，柯文哲很喜歡用歷史的比喻，雍正、年羹堯等語，以前在台大醫院時就常這樣開玩笑，對話一直都是這樣。這一點檢察官也有問她，當時她也和檢察官抗議與案情無關，不懂檢察官問這個想要做什麼。
