中東局勢升溫之際，以色列、伊朗、伊拉克、約旦4國暫時關閉領空，全球多家航空公司紛紛改道或取消航班，以確保乘客及機組人員的安全。航班追蹤網站Flightradar24的數據顯示，6月13日與6月6日的圖片相比，13日飛到伊拉克、伊朗等地的航班大量減少，幾乎「清空」。
全球區域衝突持續擴大，對航空業的營運及獲利能力帶來日益沉重的負擔，同時也引發更多安全隱憂。路透社援引飛行風險信息共用平台「Safe Airspace」的統計，自2001年以來，已有6架商用航空器遭意外擊落，另有3架險些遭遇不測。Safe Airspace網站建議：「情勢仍在發展中，營運商現階段應對該區域保持高度警戒。」
伊朗遇襲消息傳出時，包括杜拜的阿聯酋航空、德國漢莎航空及印度航空在內的多家航空公司班機正飛越伊朗領空。然而，經常通過伊朗領空往返歐洲與北美航線的印度航空稍早表示，多架航班已改道或返航，包括從紐約、溫哥華、芝加哥及倫敦出發的班機。阿聯酋航空的曼徹斯特至杜拜航班也轉降伊斯坦堡，同時，來往伊拉克、約旦、黎巴嫩與伊朗的航班已被取消。
此外，廉航杜拜航空宣布暫停飛往安曼、貝魯特、大馬士革、伊朗及以色列的航班，並取消、改道或返航多架次班機，包括貝爾格勒至杜拜航班改飛亞美尼亞首都葉里溫。據Flightradar24數據顯示，卡塔爾航空13日也取消了2班飛往敘利亞大馬士革的定期航班。
伊拉克東部毗鄰伊朗邊境區域擁有全球最繁忙的航空走廊之一，任何時刻均有數10架航班往返歐洲與波斯灣，其中多數為亞洲至歐洲航線。然而，伊拉克國家媒體指出，該國13日凌晨關閉領空並暫停所有機場起降作業。航班追蹤數據顯示，多架班機陸續改道中亞或沙特阿拉伯上空。位於以色列與伊拉克之間的約旦，在以色列展開行動數小時後也關閉了領空。
自以巴衝突爆發以來，民用航空器在經過中東地區時，必須時常與無人機及導彈共用空域，這些突發性攻擊行動橫跨主要航線，部分甚至近到能被飛行員與乘客目擊。「歐洲空中航行安全組織」數據顯示，去年中東領空每天有1400架次往返歐洲的航班穿越。
去年哈薩克與蘇丹均發生民用航空器遭武器擊落的空難事件。此前較受矚目的案例包括2014年馬來西亞航空MH17班機在烏克蘭東部被俄軍擊落，以及2020年烏克蘭國際航空PS752班機從德黑蘭起飛後遭伊朗擊落。
